La historia de S.T.A.L.K.E.R.: Clear Sky nos traslada 2011, un año antes de los acontecimientos narrados en la entrega original del juego.

Un grupo de stalkers ha alcanzado por fin el corazón de la Zona, el reactor nuclear de Chernobil, y tras el desastre se desencadena otro desastre. Una potente explosión de energía transforma la Zona. Ya no quedan caminos fiables ni seguros. Todos los niveles se desvanecen ante la proliferación de anomalías. Stalkers y grupos de expedicionarios mueren o acaban encerrados en los territorios perdidos. En el mapa de la Zona aparecen nuevas áreas que habían permanecido inexploradas desde que se produjo el desastre nuclear. Siguen produciéndose explosiones. La Zona es inestable y la actividad anómala ha alcanzado su máxima intensidad.

Los cambios en el mapa del territorio hacen tambalearse el frágil equilibrio de fuerzas de la Zona. Crecen las hostilidades entre los distintos grupos por hacerse con los nuevos territorios, los campos de artefactos y las esferas de influencia. Ya no quedan amigos ni enemigos, sobrevivir es lo único que cuenta. Ha empezado una guerra entre facciones.

El protagonista es un mercenario situado al margen de las facciones opositoras, de Strelok e incluso de la Zona misma. Sin embargo, desempeñará un papel crucial en los acontecimientos que condujeron a la creación de la Zona hasta el momento en que se inicia el capítulo original de la saga, S.T.A.L.K.E.R.: Shadow of Chernobyl.

¿Qué peligros esperan a los stalkers en los territorios descubiertos en la Zona? ¿Qué desafíos tendrán que superar? ¿Por qué la Zona sigue siendo devastada por continuas explosiones? ¿Por qué ha cambiado el territorio? ¿Cómo acabar con la inestabilidad? ¿Qué facción saldrá vencedora de la lucha? ¿Por qué el protagonista acabó en la camioneta estrellada? ¿Qué le ocurrió a Strelok antes de estos acontecimientos? ¿Cabía otra opción? Éstas y muchas otras preguntas obtendrán respuesta en S.T.A.L.K.E.R.: Clear Sky, la precuela oficial de la saga.